บริหารราชการและกำกับหน่วยงานกระทรวง
จัดทำนโยบายและยุทธศาสตร์ของกระทรวงและสำนักงานปลัดกระทรวง จัดทำนโยบาย และยุทธศาสตร์ด้านต่างประเทศและความร่วมมือระหว่างประเทศด้านการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรมของกระทรวง รวมทั้งการถ่ายทอดและแปลงนโยบายและยุทธศาสตร์ดังกล่าว เป็นแนวทางและแผนการปฏิบัติราชการ
บริหารจัดการทรัพยากรของกระทรวงให้มีการใช้ประโยชน์ร่วมกันอย่างมีประสิทธิภาพ และคุ้มค่า
ดำเนินการเกี่ยวกับการตรวจราชการ รับเรื่องราวร้องทุกข์ รวมทั้งกำกับ เร่งรัด ติดตาม และประเมินผลการปฏิบัติราชการของหน่วยงานในสังกัดกระทรวง
พัฒนาและปรับปรุงแก้ไขกฎหมายในความรับผิดชอบของกระทรวง
จัดทำ พัฒนา และเชื่อมโยงฐานข้อมูลการอุดมศึกษาและมาตรฐานการอุดมศึกษา ของประเทศ และฐานข้อมูลของกระทรวง รวมทั้งพัฒนาระบบเทคโนโลยีดิจิทัลและโครงสร้างพื้นฐาน ทางเทคโนโลยีดิจิทัลของกระทรวง
จัดทำข้อเสนอแนะเกี่ยวกับนโยบาย ยุทธศาสตร์และแผนด้านการอุดมศึกษา เพื่อผลิต และพัฒนากำลังคนที่สอดคล้องกับความต้องการของประเทศ และแผนการผลิต พัฒนา และส่งเสริม การผลิตกาลังคนคุณภาพที่มีศักยภาพสูง การจัดสรรและบริหารจัดการทรัพยากรในการจัดการอุดมศึกษา ให้เป็นไปตามที่กฎหมายกาหนด รวมทั้งส่งเสริมและสนับสนุนการศึกษาระดับอุดมศึกษาและการศึกษา ตลอดชีวิต
จัดทำมาตรฐานการอุดมศึกษาและการประกันคุณภาพการศึกษา ดำเนินการเกี่ยวกับ การติดตาม ตรวจสอบ และประเมินผลการจัดการศึกษาระดับอุดมศึกษา รวมทั้งส่งเสริมและสนับสนุน การยกระดับคุณภาพการศึกษาของประเทศ
ส่งเสริม สนับสนุน ประสาน และบริหารจัดการการใช้ประโยชน์จากวิทยาศาสตร์ งานวิจัยและนวัตกรรมแบบมีส่วนร่วมเพื่อพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมบนฐานนวัตกรรมทั้งในระดับชุมชน จังหวัด และประเทศ รวมทั้งการเข้าถึงองค์ความรู้ งานวิจัยและนวัตกรรมของผู้ประกอบการ ชุมชน ภาคเอกชน และภาคประชาสังคม
ดำเนินการตามกฎหมายว่าด้วยสถาบันอุดมศึกษาเอกชน กฎหมายว่าด้วยระเบียบ ข้าราชการพลเรือนในสถาบันอุดมศึกษา กฎหมายว่าด้วยการบริหารส่วนงานภายในของสถาบันอุดมศึกษา และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง
สนับสนุนการขับเคลื่อนการปฏิรูปการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม อย่างต่อเนื่อง
รับผิดชอบราชการที่คณะรัฐมนตรีมิได้กำหนดให้เป็นหน้าที่ของส่วนราชการใด ส่วนราชการหนึ่งในสังกัดกระทรวงโดยเฉพาะ รวมทั้งปฏิบัติงานอื่นใดตามที่กฎหมายกาหนดให้เป็นหน้าที่ และอำนาจของสำนักงานปลัดกระทรวงหรือตามที่รัฐมนตรี คณะรัฐมนตรี หรือปลัดกระทรวงมอบหมาย