ดูแลความเรียบร้อยของการขนส่งทางน้ำ
ดำเนินการตามกฎหมายว่าด้วยการเดินเรือในน่านน้ำไทย กฎหมายว่าด้วยเรือไทย กฎหมายว่าด้วยการป้องกันเรือโดนกัน กฎหมายว่าด้วยการส่งเสริมการพาณิชยนาวีและกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง
พัฒนาโครงสร้างพื้นฐานการขนส่งทางน้ำ โดยการก่อสร้างและบำรุงรักษาทางน้ำ ท่าเรือ เขื่อนกันคลื่น และสิ่งก่อสร้างทางน้ำอื่น ๆ
ดำเนินการขุดลอกและบำรุงเขื่อนร่องน้ำทางเรือเดิน เพื่อให้เกิดความปลอดภัยและความสะดวกในการเดินเรือ
ส่งเสริมและพัฒนาขีดความสามารถในการแข่งขันของระบบการขนส่งทางน้ำและการพาณิชยนาวี
ตรวจเรือ ออกใบสำคัญรับรองความปลอดภัยของเรือ และจดทะเบียนเรือไทย
ดำเนินการเกี่ยวกับประกาศนียบัตรผู้อยู่อาศัยในเรือ และคนประจำเรือให้เป็นไปตามมาตรฐานสากล
ปฏิบัติการอื่นใดตามที่กฎหมายกำหนดให้เป็นหน้าที่และอำนาจของกรมหรือตามที่รัฐมนตรีหรือคณะรัฐมนตรีมอบหมาย
